Voor de vaccinatie tegen rotavirus zijn twee vaccins beschikbaar: Rotarix® en Rotateq®. Het FAGG benadrukt dat hetzelfde rotavirusvaccin moet gebruikt worden voor het volledige vaccinatieschema. Het vaccinatieschema is voor de twee vaccins verschillend (voor Rotarix® in totaal 2 doses met een interval van minstens 4 weken; voor Rotateq® in totaal 3 doses met intervallen van minstens 4 weken). Daarenboven ontbreken gegevens over immuniteit, bescherming of veiligheid wanneer een schema niet met hetzelfde vaccin is afgewerkt. Voor de plaatsbepaling van het rotavirusvaccin, zie het Repertorium, hoofdstuk 12.1.1.10.